Leta i den här bloggen

lördag 12 oktober 2019

PRRG2 (PPXY ja PY motiivin omaava proliinipitoinen VKDP proteiini.

 Tästä proteiini PRGP2 tekstistä käy ilmi, että myös tämä sitoo hyaluronaania ja juuri sen GLA-domeeni toimii hyaluronaania sitovana. Siis  hyaluronaanin sitovuus riippuu  K1-vitamiinistatuksesta.
Official Symbol
PRRG2provided by HGNC
Official Full Name
proline rich and Gla domain 2
Also known as
The protein encoded by this gene is a single-pass transmembrane protein containing an N-terminal gamma-carboxyglutamic acid (Gla) domain and tandem Pro/Leu-Pro-Xaa-Tyr (PY) motifs at its C-terminal end. The Gla domain is exposed on the cell surface while the PY motifs are cytoplasmic. The PY motifs of the encoded protein have been shown to interact with YAP1, a WW domain-containing protein. Therefore, it is thought that the encoded protein may be part of a signal transduction pathway. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2015]
Broad expression in duodenum (RPKM 5.0), thyroid (RPKM 4.3) and 18 other tissues See more

HA ja hyaluronaania sitova proteiini PRGP1

2017:  Abstract
Mutant mice deficient in hyaluronan (HA) have an epileptic phenotype.
 HA is one of the major constituents of the brain extracellular matrix.
HA has a remarkable hydration capacity, and a lack of HA causes reduced extracellular space (ECS) volume in the brain.
Reducing ECS volume can initiate or exacerbate epileptiform activity in many in vitro models of epilepsy.
 There is both in vitro and in vivo evidence of a positive feedback loop between reduced ECS volume and synchronous neuronal activity.

  Reduced ECS volume promotes epileptiform activity primarily via enhanced ephaptic interactions and increased extracellular potassium (kalium) concentration; however, the epileptiform activity in many models, including the brain slices from HA synthase-3 (HAS3)  knockout mice, may still require glutamate-mediated synaptic activity. In brain slice epilepsy models, hyperosmotic solution can effectively shrink cells and thus increase ECS volume and block epileptiform activity. However, in vivo, the intravenous administration of hyperosmotic solution shrinks both brain cells and brain ECS volume. Instead, manipulations that increase the synthesis of high-molecular-weight HA or decrease its breakdown may be used in the future to increase brain ECS volume and prevent seizures in patients with epilepsy. The prevention of epileptogenesis is also a future target of HA manipulation. Head trauma, ischemic stroke, and other brain insults that initiate epileptogenesis are known to be associated with an early decrease in high-molecular-weight HA, and preventing that decrease in HA may prevent the epileptogenesis.
Keywords: anticonvulsant; ephaptic; epilepsy; extracellular matrix; hyaluronic acid; potassium

Mitä Hyaluronaanista sanotaan: Sitä esiintyy  solun ulko ja sisäpuolella. 

Löytyy tuoretta artikkelia solun sisällä olevasta hyaluronaanista. 
2019 Jul 2. pii: S1044-579X(19)30130-0. doi: 10.1016/j.semcancer.2019.07.002. [Epub ahead of print]
Intracellular hyaluronan: Importance for cellular functions.
Hyaluronan-rich matrices are abundant in ECM and are involved in biological processes, such as cell growth and migration.
Hyaluronan is synthesized by the hyaluronan synthase family of enzymes, HAS1, HAS2 and HAS3; the HAS1 and HAS3 genes give rise to different transcripts through alternative splicing, and the HAS2 gene to a non-coding RNA antisense transcript in addition to the protein-coding transcript. Biosynthesis of hyaluronan increases during inflammation and cancer and is regulated by cytokines and growth factors.
In addition to extracellular hyaluronan-rich matrices,
cytoplasmic and nuclear forms of hyaluronan have been detected in normal and pathological processes.
Extra- and intra-cellular hyaluronan binds to hyaluronan binding proteins, such as CD44, RHAMM, CDC37 and USP17, affecting cellular behavior.
 Although neither the exact mechanisms by which hyaluronan is present in the intracellular compartments, nor its function at these sites are currently understood, there are evidence that intracellular hyaluronan has important regulatory roles during cell cycle, cell motility, RNA translation and splicing, and autophagy.
CD44; Cancer; Cellular stress; HAS; Hyaluronan; Inflammation; RHAMM

Synapsin kuva  alla. se on uutta   elokuulta 2019. 


torsdag 20 juni 2019

Tyrosiinin katabolia: Maleylasetoasetaatti.-isomeraasi GSTZ1(14q24.3), MAA1

Official Symbol
Official Full Name
glutathione S-transferase zeta 1
Also known as
This gene is a member of the glutathione S-transferase (GSTs) super-family which encodes multifunctional enzymes important in the detoxification of electrophilic molecules, including carcinogens, mutagens, and several therapeutic drugs, by conjugation with glutathione. This enzyme catalyzes the conversion of maleylacetoacetate to fumarylacetoacatate, which is one of the steps in the phenylalanine/tyrosine degradation pathway. Deficiency of a similar gene in mouse causes oxidative stress. Several transcript variants of this gene encode multiple protein isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2015]
Expression  Broad expression in liver (RPKM 23.8), testis (RPKM 10.9) and 24 other tissues See more  Orthologs mouse all
Preferred Names
maleylacetoacetate isomerase
S-(hydroxyalkyl)glutathione lyase
glutathione S-alkyltransferase
glutathione S-aralkyltransferase
glutathione S-aryltransferase
glutathione transferase zeta 1
maleylacetone isomerase
 Features: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001299589.1
Conserved Domains (1) summary
GstA; Glutathione S-transferase [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones]
  Related articles PubMed

GeneRIFs: Gene References Into Functions

Tyrosiinin katabolia. Tyrosinemia i on katabolian viimeisen entsyymin FAH vajetta .

Jos FAH-geeni(15q25.19 on mutatoitunut ja FAH-entsyymistä on puutetta, ilmenee perinnöllistä tyypin 1 tyrosiiniemiaa. Tähän ollaan kehittelemässä  geenikorjausterapiaa ja geenitutkimus edistyy, kertoo Duodecim  12/2019, s. 1120.
Official Symbol
Official Full Name
fumarylacetoacetate hydrolase
This gene encodes the last enzyme in the tyrosine catabolism pathway. FAH deficiency is associated with Type 1 hereditary tyrosinemia (HT). [provided by RefSeq, Jul 2008]
Expression Broad expression in liver (RPKM 62.1), fat (RPKM 60.9) and 20 other tissues See more

Preferred Names
epididymis secretory sperm binding protein
fumarylacetoacetate hydrolase (fumarylacetoacetase)

This enzyme catalyzes the final step in the breakdown of tyrosine or phenylalanine to fumarate and acetoacetate. [Energy metabolism, Amino acids and amines]
Live donor liver transplantation for type 1 tyrosinemia: An analysis of 15 patients.


Type 1 tyrosinemia is a rare metabolic disorder of the tyrosine degradation pathway. Due to the rarity of the disease, the best evidence literature offers is limited to guidelines based on expert opinions and optimal treatment is still a debate. LT serves as a definitive treatment of the defective metabolic pathway in the liver along with other serious disease manifestations such as LF and HCC. Nitisinone is a relatively new agent that is currently recommended for the medical management of the disease. Its mechanism of action is well understood, and efficacy is well established when started presymptomatically. This study aims to evaluate outcomes of 15 patients with type 1 tyrosinemia who underwent LT in nitisinone era and discuss its effect on prevention of HCC.
A LT database of 1037 patients was reviewed.
 Data from 15 patients with type 1 tyrosinemia were retrospectively analyzed. All the patients except one were treated with nitisinone prior to LT. Most common indications for LT were LF and suspicious nodules. Seven patients had HCC. Mortality rate was 20% (n = 3). Nitisinone treatment has opened new horizons in the management of type 1 tyrosinemia, but LT still remains the only option for the patients developing LF and in the event of HCC. Neonatal screening programs utilizing blood succinyl acetone as the marker should be encouraged especially in the countries, such as Turkey, with high prevalence of consanguineous marriages.


AFP; HCC; NTBC; live donor; phenylalanine restriction

 Bildresultat för fumarylacetoacetate

fredag 10 maj 2019

"Kokonainen sardiini!" Kalan edut nahkoineen ruotoineen.Gelatiini sitagliptiiniin verrattuna

 Asialla on  muitakin ajattelijoita! Eilen jopa!

2019 May 9:1-10. doi: 10.1080/15321819.2019.1613243. [Epub ahead of print] The proportion-ratio on dipeptidyl aminopeptidase-4 (DP-4) inhibition by gelatin compared to synthetic sitagliptin.

 Dipeptidyyliaminopeptidaasin (DP-4)  esto  gelatiinilla  verrattuna synteettisen sitogliptiinin vaikuttamaan estoon.

Tiivistelmän suomennosta. Abstract

Tässä tutkimuksessa on ollut tarkoituksena määrittää gelatiinin inhibitorinen aktiivisuus  dipeptidyyliaminopeptidaasia 4 (DP-4) kohtaan. Tutkittiin kahta markkinoilla olevaa gelatiinia, naudan gelatiinia ja kalannahan gelatiinia ja yhtä laboratoriossa uutettua gelatiinia, nim. kalan luun ( eli ruodon) gelatiinia , jotka valittiin analyysiin. Joka gelatiinilla on sama protiinimalli( 75- 245 kDa)   geelielektroforeesissa  (Na-dodekyylisulfaattipolyakryyliamidigeeli-elektroforeesissa) keskimääräisen proteiinikonsentraation ollessa 1,72 mg/mL.  Kun mitattiin DP-4-entsyymin estoaktiivisuutta , käytettiin Gly-Pro- p-nitroanilidia  ( dipeptidi-p-nitroanilidia)  substraattina.  Standardina, johon verrattiin, käytettiin  diabeteslääkettä sitogliptiini. Prosentuaaliseen estokykyyn perustuen osoittautui  gelatiini olevan  prospketiivinen DP-inhibiittori.

  • The current study aims to determine the inhibition activity gelatin against dipeptidyl aminopeptidase 4 (DP-4). Two commercial gelatins, i.e., bovine and fish skin gelatin and one extracted (in our laboratory) gelatin, i.e., fish bone gelatin were selected for analysis. Each gelatin have same protein pattern (75-245 kDa) on sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis with mean of protein concentration of 1.72 mg/mL. The inhibition activity was measured on the capacity to inhibit DP-4 by using Gly-Pro-p-nitroanilide as their substrate. The sitagliptin was used as standard comparison. Based on the percent inhibition, gelatin has been shown to be the prospective DP-4 inhibitor.


IV (DPP-4); diabetes mellitus type 2; gelatin; incretin; inhibitory activity
Huom  kulinaarinen virhe: otetaan sardiinista nahka ja ruodot pois- silloin vähenee tämä  sitagliptiinin kaltainen vaikutus. Osa maailman valmiista sardiinipurkkimärästä on näitä ruodottomia ja nahkattomia.

Kalaproteiini - munuaisen kannalta edullistako? Artikkeli vuodelta 2001.

Tämä artikkeli on vudoelta 2001. otetatva huomioon että näiden käsityksien  ilemntymsien jälkeen maailamsa on diabetesepidemia vallalla, joten asia- proteiinilähde , joka munuaiselle sopii-  lienee kuuma peruna vielä.

Higher Intakes of Fish Protein Are Related to a Lower Risk of Microalbuminuria in Young Swedish Type 1 Diabetic Patients

 urinary samples for the analysis of albumin excretion rate (AER). A total of 75 cases of albuminuria (overnight AER ≥15 μg/min) were identified and compared with 225 duration-matched control subjects.
RESULTS—Neither mean protein, fat intake, average fish protein intake (control subjects 4.56 ± 3.83 g/day and cases 3.82 ± 2.87 g/day; P = 0.12), nor intake of meat and vegetable protein differed between the cases of albuminuria and the control subjects. High consumers of fish protein (greater than the 75th percentile) (12 cases and 63 control subjects, mean intake 9.35 g fish protein/day, i.e., ∼53 g fish/day) had lower odds ratios (ORs) for microalbuminuria than individuals consuming less fish protein (mean 2.72 g/day) (crude OR 0.49 and 95% CI 0.25–0.97). When adjusted for known confounding factors, such as HbA1c, mean arterial pressure, diabetes duration, age, sex, smoking, BMI, country region, and total energy, individuals with a high intake of fish protein and fish fat showed a reduction in the risk for microalbuminuria (OR 0.22 and 0.31, respectively; 95% CI 0.09–0.56 and 0.13–0.76, respectively). When fish protein and fat were adjusted for each other, a high intake of fish protein but not of fish fat was still significantly associated with a decrease in the risk for microalbuminuria.
CONCLUSIONS—Total protein and fat intake were not associated with the presence of microalbuminuria, but a diet including a high amount of fish protein seemed to lessen the risk.

(Kommentti: Tätä arvelenkin.
Vertailen  kananmaksaproteiinia ja kalaproteiinia:
Verenpaine ja MAP nousevat  maksaproteiinsita, muta ei kalaproteiinista, vaikka prioteiinimäärä sinänsä  olisi samaa luokkaa, ja suolaisuus  vähäsuolaista.
Tämä vain yksi havainto. täytyy tarkistaa  toisen kerran.

Punaisen lihan ( lammas, naudan jauheliha, kananmaksa)  jälkeen  miltei aina viime vuosina on  MAP kohonnut. Sen sijaan uunikalan tai kasvisrsvassa olevan sardiinin  käytön aikana  RR pysynyt paremmin  normaalina vihreällä alueella- vaikka proteiinimäärä olisi  grammoina samaa tasoa- karkeasti katsoen.  eimitään tarkkaa  grammottelua- voi sanoa ad libitum sikäli   että on kylläinen. Painokontrollista näkyy nopea veden pidättyminen kehoon).

Verenpaineen nostaa  suolan takia heti mikä tahansa makkara. Joskus  kokeilen kananakkia. Makkarassa on nitriittejä ja suolaa.

 Tämä on  vain  muistiin  henkilökohtaisesti, että pysyttelisin kalaproteiinin ja kasviproteiinin puolella. B12 vitamiinin takia koetan kuitenkin otaa silloin tällöin kananmaksaa.
Olen pitänyt juuri viikon rautakuurin ja foolihappoa. Sen päätteeksi  otin kananmaksaa yhtenä päivänä. MAP nousi oltuaan  hyvässä jamassa  rautaviikon ajan)
 eGFR arvoni oli viime vuonna raja arvo*.  Koetan pitää tämän musitissa. Joskus vain  tulee sitä suolannälkää ja tekee mieli jotain  punaisen  lihan liharuokaa.  Kun niin tapahtuu seuraavan kerran, Koetan tarkemmin laskea grammamäärän, että saan käsityksen, miten paljon sitä  sietää ilman  verenpaineen vaikuttumista. Olen vuosia kontrolloinut silloin tällöin U- Gluc ja U-alb, koska ne joskus  aiemmin ovat  antaneet positiivista elämäni aikana .  Tänään U-alb  negatiivinen.  Jos paino vaihtelee 1 vuorokaudessa  yli 500 grammaa, säätelen diureettimäärällä ja  jos vaikutus on ihan systolessa tai distolessa, myös Atacand lisällä.  pari kertaa vuodessa katson että B-Gluc on  normaali. Sekin on vuosia sitten ollut korkea ja hyvin mryskyinen  hypoglykemiasta  hyperglykemiaan.
Perusdiureetti on vain  puoli tablettia Salures 2,5 mg. ja suolaton dieetti. Runsaasti kaliumpitoista  hedelmää (kuivahedelmiä, banaania, kaakaota) viikon aikana.  isompi  turvotus tai painon nousu: Atacand 4 mg, jos se heijastuu verenpaineen nousuun,   Atacand 8 mg tai enemmän. Atacand vaikuttaa minulla akuutin lääkkeen tavoin nykyään.  Aiemmin otin sitä säännöllisesti kunnes tuli hypotoniataipumus ja  se oli aika vaikea palautumaan.  Akuuttina  tablettina se on kuitenkin hyvä, niin että pidän sitä välttämättömäntä lisänä lääkelaukussani.  En ole diabeetikko tietääkseni. Tilannettani ei ole  tulkattu  diabetekseksi, vaikka sokerin sietoni on vähän kummallinen asia.  täytyy pohtia  joskus toiste, ei nyt.

Muistiin  10.5. 2019.
 Luonnostani en ole mikään innostunut  dieetti-ihminen, mutta  dietääriset seikat ovat pavlovilaista tietä tulleet  tuiki tärkeiksi.  Mielelläni otan  hyviä neuvoja vastaan ja  siksi se dietetiikan kurssi Göteborgissa oli itse asiassa hengenpitimiksi tärkeää aikaa, kun sitä varsinaisesti ei omasta järjestä synny itsestään kaikkea tietoa.  Kyllä sitä lukea ja tutkia täytyy, jatkuvasti!  sen vain huomaa että jokaine ihminen on hyvin yksilöllinen koostumus genomisia rahkeita  ja samalla tavalla kaikkein elintarvikkeiden koostumus eri yksilöillä  on HYVIN ERILAINEN.  Näiden  kahden  muuttujan välisistä tieteellisistä tutkimuksista sitten koostuu  ravintosuositukset.  Ne voivat korkeintaan olla jokin ihmiskuntamediaanin heijastus  ihmisen suositeltavasta ravisemuksesta.  Ihminen on todella hyvin riippuvainen laboratoriotekniikan antamasta  realiteetitestistä kehonsa  funktioiden suhteen.  Viitearvotkin normaalille  on tehty  niistä ihmiskuntamediaaneista. Suuresta merkityksestä on  sellaiset neuvot,  joilla ihmiskutna on  pärjännyt hyvin tuhansia vuosia.

fredag 30 november 2018

Glysiinin mahdollinen essentiellisyys, essentiellisyyden aste?

30.11. 2018
Huomioitava,  että glysiini on keskushermostossa  selkäytimessä inhibitorinen aminohappo . Miten se syntetisoituu glysinergisessä neuronissa?

Miten glycinerginen neuroni tekee glysiinin?